Populacija alpskih kozorogov v Alpah je danes ocenjena na približno 60.000 živali. Njihova dolgoročna prihodnost ostaja negotova, saj podnebne spremembe in z njimi povezane spremembe življenjskih razmer skupaj z genetsko osiromašenostjo populacije resno ogrožajo obstoj kozorogov v tem gorskem prostoru.
V preteklosti je bil alpski kozorog v Alpah de facto že skoraj povsem iztrebljen. To kaže, kako hitro se lahko nekoč razširjena vrsta znajde na robu izginotja. Današnja populacija izhaja iz omejenega števila prednikov, kar pomeni zožen genski nabor in večjo ranljivost za bolezni ter okoljske pritiske.
Kombinacija podnebnih sprememb in genetske osiromašenosti zato za alpskega kozoroga ostaja eden ključnih izzivov za dolgoročno ohranitev vrste v alpskem prostoru.