Svetovna zdravstvena organizacija opozarja, da bi lahko letošnji El Niño pomembno ogrozil javno zdravje po svetu. Pojav je povezan z višjimi temperaturami, sušami in poplavami, zdravstvena tveganja pa so največja tam, kjer so zdravstveni sistemi že oslabljeni ali kjer ljudje živijo v humanitarnih krizah.
WHO opozarja predvsem na večje tveganje za širjenje kolere ter bolezni, ki jih prenašajo komarji, med njimi malarije, denge in čikungunje. Države poziva, naj okrepijo spremljanje bolezni, zagotovijo neprekinjeno zdravstveno oskrbo in pravočasno pripravijo zaloge medicinskega materiala.
Svetovna meteorološka organizacija je že opozorila, da bi lahko bil tokratni El Niño med najmočnejšimi doslej. Njegov vpliv naj bi trajal še več mesecev, v nekaterih regijah pa lahko prinese ekstremno vročino, sušo ali obsežne poplave.