Pri uporabi javnih stranišč večino tveganja za prenos okužb predstavlja to, kar naredimo z lastnimi rokami, ne pa sam stik s kljukami, splakovalniki ali drugimi površinami. Ključna zaščita je dosledna higiena rok, saj prav nečiste roke najlažje prenesejo mikroorganizme na obraz, hrano ali osebne predmete.
Priporočeno je, da si roke umijemo z milom in vodo najmanj 20 sekund. Pri tem moramo s peno temeljito prekriti dlani, hrbtni del rok, prostore med prsti in področje pod nohti, nato pa roke dobro splakniti in osušiti. Takšna metoda bistveno zmanjša količino mikrobov na koži.
Kadar milo in voda nista na voljo, je ustrezna alternativa razkužilo za roke na osnovi alkohola. Uporabiti ga je treba v zadostni količini in ga vtirati, dokler se koža popolnoma ne posuši.
Dosledno izvajanje teh korakov pomeni učinkovitejšo zaščito kot skrbno izogibanje vsakemu dotiku površin v stranišču.