Strokovnjaki opozarjajo, da klimatska naprava sama po sebi ni škodljiva, nepravilna uporaba pa lahko občutno poslabša kakovost spanca in splošno počutje.
Če je temperatura ponoči nastavljena prenizko, se po teh opozorilih pogosteje pojavljajo prebujanja, okorelost mišic in suho grlo, hkrati pa naraste poraba električne energije. Strokovnjaki zato priporočajo uporabo časovnika ali nočnega načina, ki naj bi klimatsko napravo izklopila približno uro ali dve po tem, ko uporabnik zaspi.
Delovanje klimatske naprave po teh navedbah občutno znižuje vlažnost zraka, kar lahko privede do suhega grla, zamašenega nosu, srbečih oči in draženja dihalnih poti. Pri slabo vzdrževanih napravah pa filtri v prostor raznašajo prah, cvetni prah in druge alergene.
Neposreden hladen zračni tok, usmerjen proti postelji, lahko povzroči napete in okorele mišice, strokovnjaki pa poudarjajo, da je ključna premišljena nastavitev temperature in časa delovanja klimatske naprave.